假设温度操控不常常导致所保存方针受损，对实验成果造成很大影响，从而影响研究工作的正常进行。所以在使用过程中要实在做到对超低温冰箱进行定时维护与保养，每月至少清洁一次，以确保超低温冰箱的清洁度。
用干布根除超低温冰箱内外部和配件上的少量尘土，假设超低温冰箱太脏则使用中性洗涤剂，清洗后再用纯净水完全冲洗。超低温冰箱的压缩机和其他机械部分不需要使用润滑油。清洁超低温冰箱压缩机后部的电扇请必须当心。清洁结束后进行安全检查，确保超低温冰箱电源线插好，不要虚接，确保插头没有失常热度、超低温冰箱背部的电源电线和分配电线没有决裂和刻痕。
当遇到警报器发动报警时，首先要检查超低温冰箱的电源是否有问题或插头是否被拉出插座，其次检查内部温度计是否超出适合的规模，在此种情况下，物品置入会使超低温冰箱升温，并触发警报器，然后检查是否一次性置入物品过多。